La máxima instancia de decisión institucional es una Asamblea. Esta instancia tiene un directorio compuesto de prestigiosos profesionales del país que, en forma ad-honorem, brindan su esfuerzo para el logro de los objetivos institucionales: Ing. Ricardo Pereyra; Dra. Caroline de Hilari; Dra. Esperanza Aid; Lynn Johnson.
El Directorio monitorea las actividades de la institución a través del Director Nacional.
Del Director Nacional se desprenden la gerencia Técnica (para la gestión de recursos), la gerencia Administrativa/Financiera y las direcciones de la Regional El Alto, la Regional Montero y la Unidad de Proyectos de Santa Cruz.
La Dirección Nacional, las gerencias así como un núcleo mínimo de personal administrativo de apoyo operan desde la oficina central.